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生存曲线(一):如何制作让审稿人喜爱的生存曲线

2023-07-23 03:01| 来源: 网络整理| 查看: 265

一直以来就计划聊聊“生存曲线”的内容,包括如何软件如何录入数据、如何绘制、结果分析等内容,希望能尽可能地将生存曲线说透。

生存曲线系列将分为4个部分展开说明,分别是曲线绘制、不同软件录入格式差异、常规结果分析、统计学意义讨论。

当然了,系列内容还是以图文教程的方式展开,熟悉聊点学术的老粉们懂得!敬请期待。

接下来,进入正题。

1. 生存分析的含义

生存分析常常用在新药研究中,不管是临床数据还是动物实验,应用十分广泛。生存分析的本质是分析不同实验条件下,研究对象“生存时间”的分布情况,从而了解实验条件对生存时间的影响。

生存分析中最重要的概念是事件或事件发生,即你所关心的事件发生了,事件发生的时间点,也就是生存时间的记录终点。因此明确“事件”的含义和界限是很重要的。

例如:一共有36只裸鼠,施加某因素用于制作模型后全部成模,并随机均分为A、B、C、D组,每组9只。随后A组被设定为control组,不做治疗。B、C、D组动物分别给予药物1、药物2、药物3治疗。以生存时间小于等于50天作为终点事件,以此比较几组之间是否存在差异?

那么常见的原始数据如下图,数值为动物存活天数。

调整数据的格式,是为了便于录入数据。本期内容使用的软件为GraphPad Prism。因此需要对数据形式进行定义和调整。

生存时间小于等于50天的事件被定义为1,而生存时间超过50天的事件则定义为0。编码后的数据形式如下图所示。

3. GraphPad Prism软件

做好了第2步,接下来你需要一个GraphPad Prism软件,没有安装此软件的可以在聊点学术公众号后台回复“Graph”,获取软件,注意要准确回复关键词哦。

4. 数据录入

打开GraphPad Prism软件后,点击Survival,默认选项,点击create。

然后,直接将编码好的数据(包括名称)复制粘贴到GraphPad Prism软件中,如下图所示。

5.查看生成的曲线

点击下图所示Graphs下方的Data1

在弹窗中选择第一种图形样式,这是最常用的。当然了,你也可以尝试其它样式。其它选项默认即可。点击OK。

输出的生存曲线如下图所示,可以看出图形混杂在一起,不太美观,所以需要进一步调整。

6. 调整曲线

按住鼠标左键,拉出选框,将右侧几个图标全选后向右边拖拽到合适位置。

然后依次修改Drug1、Drug2、Drug3的曲线颜色。以下以Drug1为例,左键双击Drug1曲线,在弹出的选框将Border thickness选为3磅,这样更加醒目一点。然后Show Connecting line中Color调选择红色。其它选项默认即可。如下图所示。

修改后,点击OK,下图可以看出Drug1曲线已变成红色,每个节点数据也变得醒目了。

接着用相同的方法依次修改其它曲线颜色,得到最终版本。至此,一个基本的生存曲线就被绘制出来了。

大家快去试试吧。再说一次,没有安装此软件的可以在聊点学术公众号后台回复“Graph”,获取软件,软件链接包括Win版和Mac版。



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